L’Europe a laissé aux états membres le choix de la démarche à adopter pour atteindre les objectifs fixés dans le cadre des deux directives.
Ainsi, la France a choisi d'agir en concertation avec les acteurs concernés par le site en mettant en place un comité de pilotage (COPIL). Celui-ci est composé des représentants des organismes agissant sur le site (chambre d'agriculture, DDTM, associations, propriétaires forestiers, fédérations...). Il est chargé d'élaborer un document d'objectifs (DOCOB), qui définit les enjeux et les préconisations de gestion.
Après approbation du DOCOB par le préfet, l'animation du site se fait selon une démarche volontaire et contractuelle : le but est de proposer aux propriétaires de signer un ou plusieurs contrats Natura 2000 (MAEC pour les agriculteurs).
Le réseau de sites français représente :
- 13 % de la surface terrestre métropolitaine, soit 7 millions d’hectares ;
- 35,7 % de la surface marine de la zone économique exclusive, soit 13 261 016 hectares ;
- 1 756 sites, dont 221 sites marins et mixtes (67 uniquement marins) : 403 zones de protection spéciales pour les oiseaux (ZPS) et 1 353 zones spéciales de conservation (ZSC) ;
- 13 041 communes supports du réseau ;
- 132 types d’habitats naturels d’intérêt communautaire (57 % des habitats naturels européens) ;
- 102 espèces animales identifiées à l’annexe II de la directive Habitats faune flore (20 % des espèces annexe II) ;
- 63 espèces végétales identifiées à l’annexe II de la directive Habitats faune flore (10 % des espèces annexe II) ;
- 123 espèces d’oiseaux identifiées à l’annexe I de la directive Oiseaux (62 % des espèces annexe I).
Le réseau terrestre se répartit sur les milieux suivants :
- 43 % de forêts ;
- 29 % de prairies et landes ;
- 20 % de zones agricoles cultivées ;
- 4% d'habitats rocheux (roches nues, plages, dunes…);
- 3 % de cours d'eau, tourbières et marais ;
- 1 % de zones urbaines.
La gestion quotidienne des sites repose sur des mesures concrètes appelées contrats Natura 2000, mises en œuvre sur la base de documents d’objectifs (DOCOB). La quasi-totalité des documents d’objectifs ont été adoptés ou sont en cours de rédaction. Les contrats agricoles (appelés également mesures agro-environnementales) sont réservés aux agriculteurs. Les autres contrats Natura 2000 sont mis en œuvre par les acteurs suivants :
- 44 % par des collectivités territoriales ;
- 28 % par des associations ;
- 16 % par des particuliers ;
- 9 % établissements publics ;
- 3 % par des entreprises .
Sur la période 2007-2013, le budget annuel moyen consacré à la gestion et à l’animation des sites français a été de 150 millions d’euros. Il a été soutenu par des fonds nationaux tels que des crédits de l’État (ministère chargé de l’agriculture et ministère chargé de l’environnement) ou des agences de l’eau (60 %) et des fonds européens (40 %).
Sources : Commission européenne - baromètre Natura 2000 (fév. 2022) / ministère de la Transition écologique et Muséum national d'histoire naturelle (décembre 2021).
Sachez que plus de 3/4 des sites Natura français sont également couverts par un autre statut de protection.
La moitié de la surface des Parcs nationaux sont classés au titre de Natura 2000 (dont plus de 90 % en coeurs de Parcs).
En fonction du Parc naturel régional, il existe entre 3 et 37 sites Natura 2000.
Plus de la moitié de la surface des Parcs naturels marins sont aussi classés Natura 2000.
